Mycoplasma · genoma mínimo, 2016

II

Esa cifra es la pieza. Hay que entender qué significa, porque no es ignorancia corriente.

No son genes sospechosos ni opcionales. Están ahí porque, al quitarlos, la célula deja de vivir; son imprescindibles por definición operativa y a la vez ilegibles. Se sabe lo que pasa si faltan y no se sabe qué hacen cuando están.

Casi un tercio del mínimo necesario para que algo esté vivo es, hoy, una lista de secuencias sin función asignada.

Y no es que nadie haya mirado. Estos genes se han comparado con todas las bases de datos existentes [y se vuelven a comparar cada vez que las bases crecen], se han buscado parecidos con proteínas de función conocida y se han modelado sus formas; una parte se ha ido asignando desde entonces, despacio, y el resto sigue.

III

Hubo además un error intermedio que el propio equipo publicó, y es la parte que más dice.

La primera idea fue diseñar el genoma mínimo a partir del conocimiento acumulado: coger la lista de genes que la literatura consideraba «esenciales», escribir con ellos una secuencia y montarla. Lo hicieron.

La célula no vivió.

Al analizarlo apareció una categoría que no estaba en los libros, la de los genes que no son imprescindibles por separado pero sí en conjunto. Dos genes que hacen lo mismo por caminos distintos [se les llamó cuasiesenciales]. Se puede quitar cualquiera de los dos, y quitar los dos mata. Un mapa que marca cada uno como prescindible es un mapa correcto que produce un cadáver.

De modo que hubo que volver al método ciego, al elemento que se inserta al azar, y construir la lista por tanteo en vez de por deducción.

El diseño basado en lo que se sabía no funcionó. Funcionó romper cosas y mirar.

IV

El género con el que se hizo esto tiene su propio expediente de invisibilidad.

Son bacterias sin pared. Eso las vuelve blandas y deformables, y les permite pasar por filtros diseñados para retener bacterias [el poro corriente es de dos décimas de micra]; no se ven bien con las tinciones corrientes, no enturbian el medio de cultivo y crecen despacio.

Durante décadas han sido el contaminante habitual de los cultivos de células animales en los laboratorios del mundo. Un cultivo contaminado no parece contaminado —el medio sigue transparente, las células siguen creciendo— y lo único que cambia son los resultados, porque el metabolismo del cultivo ya no es solo el de las células que se creen estar estudiando.

Las estimaciones publicadas de líneas celulares afectadas van del quince al treinta y cinco por ciento según la época y el país [son cifras de estudios de control de calidad, no de denuncias].

Hay por tanto una cantidad desconocida de literatura biomédica hecha sobre cultivos con otro organismo dentro, y no hay manera de saber cuánta, porque no se anotaba lo que no se veía.

La corrección llegó por la vía administrativa y es reciente. Buena parte de las revistas de biología celular exigen desde mediados de los años diez que el autor declare que sus líneas están libres de este género y que diga con qué prueba lo comprobó. No es un avance de conocimiento: es una casilla en un formulario de envío, y ha hecho más por la fiabilidad de ese material que veinte años de advertencias.

V

Esta pieza cierra la temporada y el equivocado no es un muerto.

En las once anteriores el error tiene fecha de cierre. Un colorante que no enseñaba lo que había, un filtro con el poro pequeño, una regla de tamaño, una palabra en un mapa geológico, una doctrina sobre el carácter. Todos se corrigieron, y se puede señalar el año.

Aquí no. Ciento cuarenta y nueve genes imprescindibles y sin función conocida es un error abierto, en un organismo que fabricamos nosotros, con las herramientas de ahora y por gente que sigue trabajando esta semana.

Tiene además una forma que las otras no tenían. En los casos anteriores el archivo contenía el dato y faltaba quien lo leyera. Aquí el dato está delante, medido, publicado y numerado, y lo que falta es entenderlo.

VI

La objeción es que llamar a esto un error es un abuso de lenguaje.

Nadie afirmó nada falso. El equipo publicó la cifra de genes desconocidos en el primer párrafo de su artículo, en la revista más visible que existe, sin adornarla; lo hicieron ellos y no un crítico posterior. Eso no es equivocarse: eso es medir bien el tamaño de lo que no se sabe.

Lo que sí es un error, y es mío, sería leer esa cifra como una promesa de misterio. No hay nada oculto ahí dentro. Hay proteínas pequeñas [muchas por debajo de cien aminoácidos], de secuencia poco parecida a nada catalogado, que probablemente hacen cosas modestas y difíciles de detectar: sostener una membrana, mover un ion, plegar a otra.

La cifra no dice que la vida sea inabarcable. Dice que la anotación de genes es un trabajo lento y que vamos por donde vamos.

VII

A la célula no le importa.

Crece en un medio rico, se divide cada tres horas, forma colonias —pequeñas y de borde irregular— y hace lo mismo con los ciento cuarenta y nueve genes leídos que sin leer. No espera a que nadie la entienda para funcionar.

Sus parientes silvestres siguen donde estaban: en las vías respiratorias y urinarias de vertebrados, en las plantas, y en una fracción de los cultivos celulares del mundo.

Novecientos un genes en la versión de 2010; cuatrocientos setenta y tres en la de 2016.

Quinientas treinta y un mil quinientas sesenta letras.

Ciento cuarenta y nueve genes imprescindibles cuya función no se conoce, casi un tercio del total.

Un genoma diseñado con todo lo que se sabía que no llegó a vivir.

Entre el quince y el treinta y cinco por ciento de los cultivos celulares, contaminados por este género sin que se notara.